La konstantaj trudeniroj de la hispana konkerinto Don Nuño Beltrán de Guzmán al la okcidentaj landoj de la lando, por pliigi sian regadon kaj potencon super tiuj teritorioj, rezultigis la starigon de nova provinco, kiu nomiĝis Nova Regno de Galegio.
La regiono estis loĝata de diversaj indiĝenaj grupoj, kiuj senĉese detruis la setlejojn, kiujn la hispanoj fondis en ĝi. La leŭtenanto de Nuño de Guzmán, kapitano Juan B. de Oñate ricevis ordonojn pacigi tiujn provincojn kaj fondi la Vilaĝon de Gvadalaharo en la loko nomata Nochistlán, fakto, kiun li plenumis la 5-an de januaro, 1532. Konsiderante oftajn indiĝenajn atakojn kontraŭ la urbo. li devis translokiĝi jaron poste al Tonalá kaj poste al Tlacotlán. Tria transdono estis farita por loĝigi la urbon en la valo de Atemajac, kie la urbo estis definitive fondita la 14-an de februaro, 1542 kun la ĉeesto de Kristoforo de Oñate kiel guberniestro de Nova Galegio kaj Don Antonio de Mendoza, tiam vicreĝo de Nov-Hispanio, kiu nomumis Miguel de Ibarra urbestro kaj vicgubernatoro.
La urbo rapide disvolviĝis kaj ekkonkuris kun tiu de Compostela (hodiaŭ Tepic), kiu tiam estis la sidejo de religiaj kaj civilaj potencoj, tiel ke la loĝantoj de Gvadalaharo penis tian al la aŭtoritatoj de Audiencia, ke la reĝo Filipo la 2-a decidis eldoni Atestilon datitan la 10-an de majo, 1560, por ke li translokiĝu de Compostela al Gvadalaharo, la Katedralo, la Reĝa Kortumo kaj la Trezorejaj oficialuloj.
La urba strukturo estis planita laŭ tiu de la aliaj koloniaj urboj, do ĝia aranĝo disvolviĝis en la formo de ŝaktabulo el kio estis la placo San-Fernando. Poste la kvartaloj Mexicaltzingo kaj Analco estis establitaj de Fray Antonio de Segovia, kaj la kvartalo Mezquitán, unu el la plej malnovaj. La urbodomaj domoj ankaŭ estis starigitaj, kontraŭ la nuna templo de San Agustín kaj la unua paro parisha preĝejo, kie troviĝas la Palaco de Justeco.
Hodiaŭ la grandioza urbo, fekunda en koloniaj konstruaĵoj, montras multajn rilatajn arkitekturajn ekzemplojn, kiel ekzemple ĝia Katedralo, nepra loko, konstruita inter 1561 kaj 1618 de la arkitekto Martín Casillas. Lia stilo estis klasifikita kiel komenciĝanta baroko. Ĝia solida strukturo leviĝas antaŭ la hodiaŭa Placo de Gvadalaharo, kun siaj kuriozaj turoj kiuj, kvankam ili ne apartenas al la originala stilo de la konstruaĵo, estas nuntempe agnoskitaj kiel simbolo de la gvadalahara ĉefurbo. La primitivaj turoj estis detruitaj en la 19-a jarcento per tertremo, tial oni aldonis tiujn, kiujn ĝi havas hodiaŭ. La interno de la templo estas en duongotika stilo, inkluzive de ĝiaj volboj el puntoj.
Aliaj religiaj policdistriktoj de la 16-a jarcento estas la mona conventejo de San-Francisko, establita en 1542 proksime al la rivero, en la kvartalo Analco, kaj preskaŭ tute detruita en la reformado. Ĝia templo, renovigita fine de la 17-a jarcento, kun sia baroka fasado de modestaj salomonaj linioj, konserviĝas. La mona conventejo de San Agustín, fondiĝis en 1573 per Reĝa Preskribo de Filipo la 2-a kaj nuntempe konservas sian templon kun sia fasado de severaj Herreriaj linioj kaj ĝia interno kun riphavaj volboj.
Santa María de Gracia, alia el la mona conventejaj fundamentoj, estis okupita de dominikaj monaunsinoj de Puebla, konstruita en 1590 antaŭ la Placo de San Agustín kaj pagita de Hernán Gómez de la Peña. La konstruado okupis ses blokojn, kvankam hodiaŭ nur ĝia templo daŭras, kun novklasika fasado de la dua duono de la 18-a jarcento.
