La koloniigo de ĉi tiuj foraj landoj estis atingita danke al la senŝanĝa volo kaj senlaca laboro de grupo de jezuitaj misiistoj, kiuj, sciante, ke la konkerintoj ne povis subigi la aborigenojn, decidis alporti la evangelion al ili, tiel atingante per la vorto, kion tio ne estis atingita per armiloj.
Tiel, fine de la 17-a jarcento, sub la entuziasma iniciato de la jezuito Eusebio Kino, kiu akiris permeson de la hispanaj aŭtoritatoj komenci la ekspedicion de admiralo Isidro Atondo y Antillón, la misiistoj alvenis al kio tiam estis kredita insulo, evangelizi siajn sendomajn loĝantojn. Por doni la permeson, la Krono kondiĉis, ke la konkero estu farita en la nomo de la Reĝo de Hispanio kaj ke la misiistoj mem akiru la rimedojn por plenumi la entreprenon.
La unua misio, Santa María de Loreto, estis fondita en 1697 de pastro José María Salvatierra, kiu estis en Tarahumara, kaj kiun patro Kino proponis plenumi la bonegan laboron. Santa María de Loreto estis dum pli ol cent jaroj la politika, ekonomia kaj religia ĉefurbo de Kalifornio.
Dum la sekvaj tri kvaronoj de jarcento, la misiistoj fondis ĉenon de dek ok superbaj fortikaĵoj, ligitaj per la tiel nomata "reĝa vojo", kiun ili mem konstruis, ligante la regionon Los Cabos, en la sudo de la duoninsulo, al la nuna limo kun nia najbaro norde; Ĉi tio eblis, ĉar inter la misiistoj estis kapelanoj kun scio pri konstruado kaj hidraŭlika inĝenierado.
El ĉi tiuj timindaj konstruaĵoj iuj pluvivas en perfekta stato, kiel ekzemple San Ignaco, unu el la plej belaj kaj plej bone konservitaj, konstruita de pastro Juan Bautista Luyando en 1728; tiu de San Francisco Javier, fondita en 1699, kiu konsistis el humila adoba kapelo kaj pastrodomo konstruita de Fray Francisco María Piccolo; la nuna konstruaĵo estis konstruita en 1774 de pastro Miguel Barco, kaj pro sia bela arkitekturo ĝi estis konsiderata "la juvelo de la misioj Baja California Sur"; tiu de Santa Rosalía de Mulegé, establita en 1705 de pastro Juan María Basaldúa, 117 kilometrojn norde de Loreto, estis unu el la plej bone situantaj, ĉar ĝi estis konstruita en oazo ĉe la maro.
La misioj kombinis la belecon de la arkitekturo kaj la riĉeco de la dekoracio kun praktika ĉirkaŭaĵo, kiu permesis starigi konstantajn loĝlokojn ĉirkaŭ ili. La misiistoj ne nur evangeliigis la aborigenojn, sed instruis ilin fruktodoni la dezerton per daktilujoj; ili enkondukis brutaron kaj la kultivadon de maizo, tritiko kaj sukerkano; Ili sukcesis igi la landon produkti fruktarbojn kiel avokado kaj figoj, kaj por plenumi la religiajn ritojn, kiuj postulis vinon kaj oleon, ili akiris permeson kultivi la vinberarbon kaj la olivarbon, kio estis malpermesita en la resto de la Nova Hispanio, kaj danke al ĉi tio hodiaŭ bonegaj vinoj kaj olivoleo estas produktataj en la regiono. Kaj se ĉio ĉi ne sufiĉus, ili ankaŭ enkondukis la unuajn rozarbetaĵojn, kiuj floris en ĉi tiuj landoj kaj kiuj hodiaŭ ornamas la parkojn kaj ĝardenojn de la tuta duoninsulo.
