La kristanigo de la jaisioj estis tio, kio permesis al la religianoj disvastiĝi en 1609, penetrante la teritorion de Sonora.
Dum la Kolonio, Sonora respondis nur al la deklivoj de la Okcidenta Sierra Madre ene de la limoj de tiu ento. La regiono, kiu kuris norden de la rivero Yaqui, inkluzive de la Realo de la Cieneguilla, estis nomata Pimería Baja kaj la plej norda regiono de tiu Realo al la Kolorada Rivero - jam en la nuna nordamerika ŝtato Arizono - nomiĝis Pimería Alta.
La nuna sonora teritorio ankaŭ inkluzivas malgrandan regionon en la sudokcidento de tiam konata kiel Pimería, situanta en la ŝtato Chihuahua kaj Ostimuri, loko situanta ĉe la marbordoj de la Kalifornia Golfo, inter la riveroj Mayo kaj Yaqui.
En 1614 la misiistoj Pérez de Rivas kaj Pedro Méndez kristanigis la majaojn en la regiono de Ostimuri, dividante la mision en tri Distriktojn: Santa Cruz (ĉe la buŝo de Mayo), Navojoa kaj Tesia.
La Tepahues estis kunigitaj kune kun la Cornicaris en 1620. Patro Miguel Godínez fondis la misiojn de San Andrés de Cornicari kaj Asunciono de Tepahui . Tiun saman jaron fondiĝis la Rektoreco de Sankta Ignaco, kiu inkluzivis, krom la kvin antaŭe menciitajn misiojn, tiujn de Bacúm, Torín kaj Rahún, situantaj ĉe la enfluejo de la Yakvi.
En 1617 la jakanoj estis konvertitaj de la gepatroj Pérez de Rivas kaj Tomás Basilio. Malgraŭ suferoj de ribeloj, tumultoj, turmentoj kaj mortigoj, la konvertiĝo de Sonora estis pli rapida kaj pli firmigita. Ekde la 17-a jarcento la jezuitoj plivastiĝis kaj fondis la mision de Maycoba kaj Yecora en la sudokcidenta parto de tio, kion ili konis kiel Chínipas.
La misioj de la rivero Yaqui al la nordo estis dividitaj en kvar pastrejojn: tiu de San Borja grupigis la misiojn de: Cucumaripa kaj Tecoripa , fondita en 1619; Movas kaj Onovas, en 1622; Sahuaripa en 1627; Matape en 1629; Onapa en 1677 kaj Arivechi , en 1727. La Rektoreco de la Tri Sanktaj Martiroj de Japanio, kiu inkluzivis Batucon fonditan en 1627, Oposura en 1640 kaj Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca kaj San Miguel Bavispe , fondita en 1645. Kaj la Rektoreco de Sankta Ksavero, kiu integris la misiojn de Ures en 1636; Aconchi, Opodepe kaj Banámichi en 1639; Cucurpe kaj Arizpe en 1648, kaj Cuaquiárachi en 1655.
En 1687 la misiisto Eusebio Francisco Kino eniris la Pimería Altan kaj komencis la misiojn de la Rektoreco de Nuestra Señora de los Dolores, fondante: Caborca, al kiu estis asignita Francisco Javier Saeta, kiu tenas korespondadon kun sia spirita subteno, la patro Kino; Atil, Tubutama, Nia Sinjorino de Malĝojoj de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera kaj Imuris.
Post la elpelo de la jezuitoj, la misioj estis lasitaj al la franciskanoj, kiuj ne konstruis plu kaj nur limigis sin al provo konservi la ekzistantajn. Post kiam la jezuitoj jam establis setlejojn en Sinaloa kaj Sonora, ili turnis siajn okulojn al la kalifornia teritorio.
