Naskita en Ozumba, ŝtato Meksiko, en 1737, li akceptis religian karieron kaj estis ordinita pastro en la aĝo de dudek jaroj.
Malgraŭ sia filozofia trejnado, de tre juna li zorgas pri la scio kaj apliko de natursciencoj, fiziko, matematiko kaj astronomio. Li publikigas valorajn verkojn pri sciencaj temoj en siatempaj gazetoj kaj revuoj. Li akiras internacian renomon kaj estas elektita responda partnero de la Pariza Scienca Akademio. Li pasigas multon da sia tempo farante sciencajn eksperimentojn kaj kunvenas vastan bibliotekon. Li estas kolektanto de arkeologiaj pecoj kaj raraj specimenoj de plantoj kaj bestoj. Esploru Xochicalco. Por omaĝi lin, en 1884 fondiĝis la Scienca Societo Antonio Alzate, kiu en 1935 fariĝis la Nacia Akademio de Sciencoj. Lia plej konata redakcia laboro estas la notoj al la Antikva Historio de Meksiko de la jezuito Francisco Javier Clavijero. Oni diras, ke li estas malproksima parenco de Sor Juana Inés de la Cruz. Li mortis en Meksikurbo en 1799.
